在操作CTY12噸井下電機車時，司機將主令開關撥到牽引二位后，如果發現斬波器內的主換向器KMO不閉合，導致機車無法運行，可能存在以下幾種故障原因：

原因1：預充電阻燒毀

預充電阻燒毀是常見故障之一。解決方法如下：

1. 打開斬波箱，檢查預充電阻是否燒毀。

2. 如果發現燒毀情況，及時更換預充電阻。

原因2：換向器問題

如果預充電阻完好，問題可能出在換向器上。解決方法如下：

1. 仔細檢查換向器，確保其沒有機械或電氣故障。

2. 如果換向器出現問題，需要進行維修或更換。

原因3：控制板中間繼電器故障

盡管較少見，中間繼電器的故障也可能導致上述問題。檢查和解決方法如下：

1. 使用萬用表檢測控制板上K1B和600之間的電壓。

2. 如果檢測到電壓為24V，則說明中間繼電器存在問題。

3. 進行控制板維修或更換中間繼電器。

以上就是對CTY12噸井下電機車主電路故障的分析與排除方法。通過上述步驟，可以有效地診斷和解決機車無法運行的問題，確保設備的正常運行和維護。